Für die Reinigung von Oberflächen, der Anlagetechnik oder von Laboreinrichtungen im Reinraum werden besondere Reinraumsysteme verwendet und je nach Anwendungsbereich auch Desinfektionspläne erstellt. Spezielle Desinfektionsmittel sorgen für die nötige Sauberkeit und Reinheit in Reinräumen. Oberflächen wie Edelstahl lassen sich optimal mit speziellen Reinraumtüchern reinigen. Für die Reinigung von Fußböden im Reinraum werden, vor allem im Pharmabereich, autoklavierbare Eimer und Systemwagen sowie Mopp-Systeme mit Mopphalter aus Edelstahl verwendet.