Mittels einer Rotationsreinigung sollen nicht nur Schmutz und Partikel entfernt werden, sondern auch Kontaminationen eventuell lebender Organismen abgetötet werden. Demnach folgt die Rotationsdesinfektion auf eine vorhergegangene Reinigung. Die Rotation wird gemäß der EU-GMP-Richtlinie Annex 1 empfohlen.
Hintergrund der Rotationsdesinfektion ist das Verhindern einer Anpassung des Bakteriums an die Wirkungsweisen und Wirkstoffe der Desinfektionsmittel, eine sogenannte Resistenzbildung gegen das Desinfektionsmittel. Infolgedessen ist der Wirkstoff des Desinfektionsmittels nicht mehr gegen das Bakterium wirksam. Durch verschiedene Wirkstoffe wird eine Resistenzbildung verzögert bzw. kann eine Resistenzbildung verhindert werden.
Damit es jedoch zu einer Resistenzbildung kommt, müssen ein paar wenige Bakterien trotz der Anwendung des Desinfektionsmittels überleben. Da die fortbestehenden Bakterien nun einen Vorteil gegenüber anderen Bakterien derselben Gattung haben (sie werden nicht mehr durch diese Chemikalie abgetötet), können sie sich vermehren und sich weiterentwickeln.
Ein bekanntes Beispiel einer Resistenzbildung ist der MRSA-Keim (Methicillin-resistenter Staphylococcus aureus). Seine Resistenz ist wahrscheinlich durch fehlende Rotation von Desinfektionsmitteln entstanden, so dass er über einen längeren Zeitraum eine Immunität gegen die angreifenden Antibiotika bilden konnte. Durch eine potenziell fehlende Rotation wurde die Anzahl der überlebten Bakterien immer größer, sodass ein Stamm schließlich vollständig resistent gegen das Desinfektionsmittel, im Fall von MRSA gegen den Antibiotikum-Wirkstoff Methicillin, wurde.
Im Zuge der Rotationsreinigung sollte berücksichtigt werden, dass bei einer Nutzung von Desinfektionsmitteln, die ausschließlich gegen Bakterien (bakterizid) wirksam sind, bessere Bedingungen für Viren erzeugt werden. Viren haben durch das Inaktivieren und Abtöten der Bakterien „keine Konkurrenz“ im Kampf um die Nährmedien mehr. Unter diesen Bedingungen können Viren günstiger überleben. Deshalb sollten unbedingt viruzid-wirkende Desinfektionsmittel berücksichtigt werden, gleichzeitig sollten sie jedoch nicht zu häufig ihren Einsatz finden, damit Oberflächen und Materialien geschont werden.
Für die Rotationsdesinfektion eignen sich beispielsweise Mittel auf der Basis von Chlordioxid (CO2) oder auf der Basis von amphoteren Tensiden:
Durch die Kombination beider Wirkungsweisen ist die Abtötung der Sporen gewährleistet, gleichzeitig werden die Materialien geschont. In der Rotationsreinigung kann beispielsweise als zweiter Stoff auch ein Desinfektionsmittel auf der Basis von Alkohol (Isopropanol/ Isopropylalkohol) eingesetzt werden. Dieser Stoff hat durch die reinigende Wirkung den Vorteil, dass Reste von Desinfektionsmitteln aus vorhergegangenen Durchläufen entfernt werden.
Nicht zuletzt ist eine entsprechend lückenlose Dokumentation über die Maßnahmen elementar, um ein bestmögliches Ergebnis zu erreichen und nachweisen zu können.